九年一貫課程的主要精神在於課程統整與學校本位課程的發展，這種作法可以讓教師展現專業能力，也會促使學校有效整合資源及與家長建立合夥關係...，但實際上真是如此嗎？睽諸教育現場的老師，由於師資養成教育過程中，缺乏整統、合科的訓練，再加上教學工作繁重，能如實教好教科書內容，輔導學生，已算善盡教師職責，何來時間精力做課程的研發？而課程綱要取代課程標本，造成一綱多本，學生的課業壓力不降反升，甚至造成家長經濟更大負擔。這樣的教育政策實施下來，其實得不到大多數教師、家長與學生的認同，甚至在學界也有不少反對的聲浪。
根據政策執行理論研究指出，政策內容的設計是影響政策有效執行的重要因素之一，而政策設計的邏輯性更是瞭解政策效果的關鍵因素。政策必須有健全合理的基礎作為其規劃的基石，政策問題與解決方案之間更應該有著因果關係。而九年一貫課程政策的制定，不僅在過程中較少教育專業人士參與，在理論與理念方面，也顯得缺乏完整的理論性與合理性基礎。如為什麼要倡導「學校本位課程」、「協同教學」、「領域教學取代合科教學」等，這麼大的課程變革，未經學術嚴謹論述，也沒有相關實驗佐證，缺乏說服力。九年一貫課程政策與所欲解決的教育問題缺乏有力的因果連結，再加上相關理論基礎薄弱，是以整體理論效度相當不足。
而任何教育改革，都要由教師去推動，但長久以來，國民中、小學教師教學時，奉教科書為聖經照本宣科施教。如今「學校本位課程」、「彈性課程」，要求教師運用其荒廢已久的專業權威，自編學校本位課程，而且打破長久以來學科分立的課程，必須要以領域教學。變革之大，除了教師能力是否足以勝任外，另外教師是否有意願配合政策，也是課程改革成敗重要因素，過往教育政策，教師不但是決策的邊緣人，而且體驗到許多政策反覆、無效能的經驗，使得教師對於教改政策早已失去信任，並抱持觀望態度。教育改革最難的是如何使改革的理念、辦法內化生根於全部教師、教育人員甚至社區人士的觀念系統之中。這種整個文化的改造，常是課程改革、教育改革失敗的癥結根源所在。
九年一貫課程實施至今，很多東西流於形式，學校為推動學校本位課程，成立課程發展委員會，只是虛應形式，並無實際功能，每學年擬定全校總體課程計畫，很多都由教科書商代勞，而送行政主管機關備查，主管單位又有多少人力與專業可以執行審查，最後甚至原封不動送進倉庫中。
其實任何課程改革要成功，關鍵在人與組織，學校領導者要能利用集體智慧，激發、導引組織成員心力，糾合成員意志，以達成共同目標。一個發展良好的學校與教師，能彌補設計不良的教育政策。
